Aniston se mudou para Hollywood e foi escalada em seu primeiro papel na TV em 1990, estrelando como uma personagem regular na série de curta duração Molloy e no filme para TV Camp Cucamonga. Ela também co-estrelou em Ferris Bueller, uma adaptação para TV do filme que foi hit em1986, Curtindo a Vida Adoidado. As séries, no entanto, foram rapidamente canceladas. Aniston, em seguida, apareceu em duas comédias, The Edge e Muddling Through ambas sem nenhuma repercussão, e co-estrelou em Quantum Leap, Herman's Head e Burke's Law. Após a sequência de séries canceladas, junto com sua aparição no filme de terror ridicularizado de 1992, Leprechaun, Aniston considerou desistir da carreira de actriz. Mudou os planos, no entanto, após a audição para Friends. Originalmente Aniston queria fazer o teste para o papel de Monica Geller, mas os produtores consideraram Courteney Cox mais adequada para o papel, assim, Aniston foi lançada como Rachel Green.

O programa foi bem sucedido e Aniston, junto com seus colegas de elenco, ganhou grande renome entre os telespectadores, o penteado da época, que ficou conhecido como "a Rachel", foi amplamente copiado. Jennifer e seus amigos do elenco de Friends, David Schwimmer, Matthew Perry, Matt LeBlanc, Lisa Kudrow e Courteney Cox, chegaram a ganhar 1 milhão de dólares por episódio nas últimas temporadas do seriado, de acordo com oGuinness Book (2005), Aniston (junto com as co estrelas femininas) se tornou a actriz mais bem paga da TV. Ela recebeu cinco indicações aoEmmy (dois prêmios de Atriz Coadjuvante e três de Melhor Actriz), incluindo uma vitória como Melhor Atriz em Série de Comédia.

Aniston já apareceu em vários comerciais e vídeos musicais. Em 1996, ela estava no vídeo da música "Walls" da banda Tom Petty e The Heartbreakers. Em 2001, estava no clip "I Want To Be In Love" de Melissa Etheridge. Jennifer foi lançada em um comercial da Heineken, que mais tarde foi proibido devido a problemas com a marca. Fez também comerciais de produtos para cabelo como a marca L'Oreal. Em 1994, a Microsoftconvidou Aniston, junto com Matthew Perry, para filmar um anúncio promocional de 30 minutos para o seu novo sistema operacional, Windows 95. Ela ganhou aclamação da crítica por suas interpretações em A Razão do Meu Afeto (1998), uma comédia-drama sobre uma menina que se apaixona por um homem gay, e no filme de baixo orçamento de 2002, Por um Sentido na Vida, dirigido por Miguel Arteta, onde interpreta uma caixa sem glamour em uma pequena cidade. O último filme estreou relativamente em poucas salas de cinema - menos de 700 no total - faturando 14 milhões de dólares nas bilheterias dos EUA ^[24]. No final de 2005, Aniston apareceu em dois filmes de grande orçamento,Fora de Rumo e Dizem Por Aí....

Além do sucesso como atriz de TV, Aniston vem tendo glória também como atriz de cinema. Seu maior sucesso de bilheteria, até à data foi em 2003 no filme Todo Poderoso, no qual interpreta a namorada do personagem de Jim Carrey. Aniston, em seguida, estrelou o filme de 2004, Quero Ficar Com Pollly, contracenando com Ben Stiller. Em 2006, apareceu no drama de baixo orçamento, Amigas Com Dinheiro, que foi exibido no Sundance Film Festival, e recebeu um lançamento limitado. No trabalho seguinte, Separados Pelo Casamento, que foi lançado em junho de 2006, arrecadou cerca de 39,17 milhões dólares durante a sua semana de estreia, apesar das críticas mornas.

Em 2007, Aniston estrelou como convidada em um episódio de Dirt, série da amiga Courteney Cox, interpretando "Tina Harrod", uma rival de Courteney. Além de atuar, Aniston dirigiu o curta-metragem Room 10, estrelado por Robin Wright Penn e Kris Kristofferson.

A Forbes listou Aniston como uma das dez mulheres mais ricas na indústria do entretenimento em 2007. Ela está atrás de potências como Oprah Winfrey, JK Rowling, Madonna, Mariah Carey, Celine Dion e Jennifer Lopez e está à frente de Britney Spears, Christina Aguilera e as gêmeas Olsen. O seu patrimônio líquido é de aproximadamente 110 milhões. Aniston também foi incluída no relatório anual da Star Salary Top 10 da revista especializada The Hollywood Reporter para 2006. Segundo a Forbes, em outubro de 2007, Aniston foi o rosto de celebridade mais vendido da indústria do entretenimento.

Aniston apareceu no terceiro episódio da 3ª Temporada de 30 Rock interpretando "Liz Lemon" uma ex colega de quarto de Jack Donaghy.

Aniston aparece nua em uma série de fotos que foram publicadas na capa e páginas interiores da edição de janeiro de 2009 da revista GQ. Ela disse à revista que se sente mais confortável hoje do que quando estava na casa dos vinte ou trinta anos. "Eu estou saudável. Estou mais em paz com minha mente e meu corpo", disse Aniston. Ela também aparece nua em Separados Pelo Casamento.

Em 25 de dezembro de 2008, Marley & Eu, em que Aniston estrela ao lado de Owen Wilson, foi lançado. É o recorde de maior bilheteria de Natal com 14,75 milhões dólares em ingressos vendidos. O filme arrecadou um total de 51,7 milhões dólares ao longo dos quatro dias do fim de semana e o deixou em primeiro lugar, posição que ocupou por duas semanas. O total mundial de faturamento foi de 242.717.113 milhões.

Seu próximo filme, Ele Não Está Tão Afim de Você, que estreou em fevereiro de 2009, fez 27,5 milhões de dólares nas bilheterias em seu primeiro fim de semana. Enquanto o filme recebeu críticas mistas, Aniston, junto com Jennifer Connelly e Ben Affleck, foram muitas vezes elogiados por críticos.

A partir de 2009, os filmes de Aniston arrecadaram mais de 900 milhões nos EUA e mais de 1 bilhão mundialmente.